L’AFEE a vocation à collaborer avec les sociétés académiques développant une activité scientifique et de recherches sur les questions européennes.
Elle est ainsi membre de droit de la Fédération Internationale pour le Droit Européen-France et, à ce titre, certains de ses membres coordonnent ou contribuent au rapport français présenté lors du Congrès FIDE tels que ceux relatifs à l’Union bancaire européenne, The New EU Data Protection Regime, Confiance mutuelle, reconnaissance mutuelle, état de droit (2023, , Union sociale européenne , Droit de l’Union et l’urgence (à venir 2025), l’Union européenne et l’énergie (à venir 2025).
L’AFEE a également noué un accord de coopération avec l’Associazione Italian Studiosi Diritto dell’Union Europea – AISDUE – favorisant la tenue de manifestations communes dont la première a porté sur Le rôle du juge national dans la procédure préjudicielle.