Le soutien de la Commission européenne à l’action de l’AFEE  depuis sa création en 1965 sous l’appellation CEDECE ne s’est jamais démenti. Cette dernière bénéficie depuis plus de dix ans de l’action « Jean Monnet » et son activité est labellisée comme telle. L’AFEE se manifeste aujourd’hui encore comme un intermédiaire privilégié des institutions de l’Union européenne dans le dialogue que celles-ci nouent avec le monde universitaire français,  Par ailleurs, elle assure un relais solide de la politique d’appui à la recherche européenne que la Commission met en œuvre. Enfin, elle entretient avec ses homologues en Europe et au delà des relations constantes de travail ; ce qui lui vaut un rayonnement qui dépasse les frontières hexagonales.